打井機在農田灌溉中通過抽取地下水滿足作物用水需求，應用方式需結合農田分布、地質條件與灌溉規模，兼顧效率與成本，適配農業生產的實際需求。
選點布局注重水源與便利性。打井位置需避開低洼易澇區，選擇地勢較高處便于水流自流灌溉，同時靠近田間道路，方便打井機進出。單井覆蓋面積根據地下水位與出水量確定，通常每畝農田需水量對應井深50至100米，井間距控制在300至500米，避免過度集中導致地下水位下降。
機型選擇適配農田特點。小型輪式打井機適合分散的小塊農田，機身靈活，可在田間小道移動，鉆進深度多在50米以內，滿足淺表層地下水抽取；中型履帶式打井機適用于連片農田，鉆進深度可達100至200米，出水量較大，能覆蓋數百畝耕地。沙質土壤區域常用旋轉式打井機，通過螺旋鉆頭快速鉆進；黏土層則選用沖擊式打井機，依靠沖擊力破碎土壤結構。
鉆進過程注重保護農田。打井機作業時需鋪墊鋼板分散重量，避免壓實土壤影響作物生長，鉆井產生的泥漿需引入臨時沉淀池，防止污染農田與水源。成井后及時回填井壁間隙，使用透水性材料包裹井管，防止泥沙涌入堵塞水井，井管露出地面部分加裝防護井臺，避免雜物落入。
配套設施提升灌溉效率。井口連接潛水泵與輸水管道，管道沿田埂鋪設，通過閘閥控制分灌區域，打井機鉆出的水井可與噴灌、滴灌系統結合，減少水資源浪費。對于水位較深的區域，打井時需同步安裝深井泵，泵體下入深度根據水位動態調整，確保持續取水。
打井機在農田灌溉中的應用，需平衡鉆井成本與灌溉效益，根據作物種類、土壤墑情調整井深與出水量，使地下水利用與農業生產需求相匹配，成為保障農田灌溉水源穩定的重要手段。